Phú Tân nằm giữa sông Tiền và sông Hậu, là vùng ngập sâu của tỉnh An Giang, thế mạnh kinh tế của huyện là nông nghiệp. Nhờ phát huy tốt thế mạnh, cho nên những năm qua, tốc độ tăng trưởng kinh tế của huyện không ngừng gia tăng. GDP của huyện giai đoạn 1986 - 1995 tăng bình quân khoảng 7%/năm, giai đoạn 1996 - 2000 đạt 12,5%/năm. Cơ cấu kinh tế chuyển dịch theo hướng tích cực, tỷ trọng ngành Công nghiệp - Xây dựng có chiều hướng tăng nhanh. Thu nhập bình quân đầu người năm 2005 là 9.972.000 VNĐ, năm 2006 là 11.969.000 VNĐ. Tỷ lệ hộ nghèo đã giảm từ 14,56% năm 2005 xuống 11,83% năm 2006.
Năm 2008, tốc độ tăng trưởng GDP huyện Phú Tân đạt 13,69% [kế hoạch là 14,97%]. Hoạt động sản xuất nông nghiệp vẫn là thế mạnh với diện tích gieo trồng cả năm 66.143 ha, sản lượng lúa nếp ước đạt 413.736 tấn, tăng 48.532 tấn so với cùng kỳ. Tuy năng suất đạt khá nhưng đời sống nông dân bị ảnh hưởng do chi phí đầu tư sản xuất cao, giá lúa bấp bênh. Toàn huyện có 19 HTX nông nghiệp, với 1.913 xã viên, vốn cổ phần trên 9 tỷ đồng, phục vụ sản xuất trên 14.300 ha, chiếm trên 62,2% diện tích sản xuất toàn huyện. Năm qua, chương trình khuyến nông của huyện đã giải ngân 262 dự án với 205,7 tỷ đồng, tăng 190,3% so với cùng kỳ…
Tháng 01-2009, tình hình kinh tế của huyện tiếp tục phát triển. Ở lĩnh vực Thương mại - Dịch vụ, tốc độ lưu chuyển hàng hoá đạt 242,2 tỷ đồng, tăng 12,15%. Giá trị sản xuất Công nghiệp - Tiểu thủ công đạt 37,5 tỷ đồng, tăng 19,7% so với cùng kỳ. Năm 2009, Phú Tân phấn đấu đạt mức tăng trưởng cao, hợp lý, đảm bảo phát triển bền vững; tiếp tục đẩy mạnh chuyển dịch cơ cấu kinh tế, cơ cấu lao động theo hướng tăng tỷ trọng dịch vụ và công nghiệp. Theo đó, phấn đấu đạt tốc độ tăng trưởng GDP 11,2%, thu nhập bình quân 19 triệu đồng/người/năm, 81,63% hộ sử dụng nước sạch, 99,25% hộ sử dụng điện; đồng thời phấn đấu giảm tỷ lệ hộ nghèo thấp hơn 5%, giải quyết việc làm cho 5.000 lao động. Huyện sẽ xây dựng thêm 3 vùng kiểm soát lũ mới với diện tích 2.905 ha, tổ chức sản xuất theo phương án 3 năm 8 vụ; xả lũ 10 vùng với diện tích 12.010 ha, phấn đấu diện tích gieo trồng cả năm đạt 56.212 ha; khai thác tốt các trạm bơm điện, đảm bảo cơ cấu giống ổn định 50% diện tích trồng nếp và trên 45% diện tích trồng lúa chất lượng cao…
Ngoài cây lúa, Phú Tân còn phát triển diện tích trồng các loại cây thủy sinh, trong đó sản xuất ấu, rau nhút, điên điển, rau muống....Tân Trung là xã giữ thế mạnh về trồng các loại cây thủy sinh được xem là tiêu biểu của huyện. Xã có nhiều hồ, không có đê bao, lại có diện tích trũng rộng lớn nên vụ 3 chỉ có thể nuôi trồng các loại cây con phù hợp điều kiện ngập nước. Ngoài xã Tân Trung, nông dân các địa phương khác ở Phú Tân còn khai thác thế mạnh của địa phương nhằm cải thiện cuộc sống và tăng thu nhập qua lợi thế mùa nước nổi như: nuôi cá trong vèo, ươm nuôi cá giống, nuôi tôm đăng quầng, đan lọp cá lóc, đan giỏ lục bình, làm nghề câu lưới…
Sản phẩm nông nghiệp Phú Tân nổi tiếng nhất là nếp. Nếp Phú Tân luôn đạt các tiêu chí về độ thuần, dẻo và mùi thơm đặc trưng nên được tiêu thụ mạnh cả thị trường nội địa lẫn xuất khẩu. Trước đây, giống nếp đặc sản truyền thống ở Phú Tân trước đây chủ yếu cung cấp gạo nếp cho làng nghề tráng bánh phồng. Năm nào nông dân trồng nếp trúng mùa làm bánh phồng không hết phải đem trộn với lúa tẻ mới bán được. Có lúc tưởng chừng giống nếp đặc sản sẽ bị tiệt chủng, nếu như không có làng nghề bánh phồng truyền thống tồn tại. Vài năm trở lại đây, thương lái mua gạo nếp chở đi tiêu thụ ở thành phố Hồ Chí Minh, Campuchia.
Có đầu ra, nông dân bắt đầu khôi phục lại vùng chuyên canh nếp đặc sản, nhiều nông dân đã học cách tuyển chọn bông thuần để làm giống sẽ cho gạo nếp nấu cơm thơm dẻo hơn. Vùng chuyên canh nếp chủ yếu tập trung ở 6 xã Tân Hòa, Phú Hưng, Phú Mỹ, Phú Thọ, Phú An và Chợ Vàm. Ba giống nếp chủ lực được nhiều nông dân chọn trồng là OM2003, LV3 và CK92 có năng suất cao, ổn định và đạt chất lượng gạo nếp thương phẩm xuất khẩu. Vùng chuyên canh nếp Phú Tân đang sản xuất 3 năm 8 vụ với hai giống nếp chủ lực là CK2003, CK92 và giống nếp thơm NK1, NK2. Nhiều nông dân cho biết, các nhà khoa học đã giúp họ lai tạo các giống nếp chất lượng cao, có độ dẻo và mùi thơm đặc trưng, độ thuần [rặt] đến 98-99%, đạt chuẩn xuất khẩu, năng suất từ 7-8 tấn/ha. Năm 2006, diện tích trồng nếp của vùng cù lao Phú Tân hơn 26.850ha, sản lượng khoảng 180.000 tấn và năm 2007 tăng lên 33.000 ha, sản lượng ước gần 200.000 tấn.
Theo đánh giá của nhiều nhà chuyên môn, vùng chuyên canh nếp Phú Tân có sản lượng lớn nhất cả nước, bằng khoảng 1/2 sản lượng nếp xuất khẩu của Thái Lan. Nhưng nghịch lý là khi bán ra khỏi địa phương loại nếp này đã bị đổi tên khác, không còn là đặc sản nếp Phú Tân...Một số công ty xuất khẩu đã đổi tên nếp Phú Tân thành loại nếp cao cấp khác để xuất khẩu sang thị trường Malaysia, Indonesia, Philippines, Trung Quốc và Trung Đông. Còn các nhà phân phối ở chợ đầu mối cho “lên” hàng Thái hoặc pha lúa vào bán hàng cấp thấp ở thị trường nội địa.
Khoảng trung tuần tháng 4-2007, Báo Sài Gòn Tiếp Thị tổ chức hội thi ẩm thực các món ăn ngon Nam bộ. Trong đó, món bánh tét được làm từ nguyên liệu nếp Thái Lan, nếp Phú Tân, nếp Cái Bè và nếp Bắc. Tuy nhiên, nếp Phú Tân được đánh giá là ngon nhất, bởi có độ dẻo và mùi thơm đặc trưng nên được nghệ nhân Mười Xiềm [phường Trà Nóc, quận Bình Thủy, thành phố Cần Thơ] chọn làm nguyên liệu để sang Mỹ trình diễn gói bánh tét. Hiện tại, Hợp phần thương mại hóa sản phẩm Dự án kiểm soát lũ Bắc Vàm Nao kết hợp với Khoa Kinh tế- Quản trị kinh doanh Trường đại học An Giang đang hỗ trợ cho Công ty TNHH Đặng Ngọc [ấp Hưng Thới 2, xã Phú Hưng, Phú Tân] xây dựng thương hiệu “Đặng Ngọc nếp thơm Phú Tân”. Hy vọng trong thời gian tới, thương hiệu nếp Phú Tân sẽ có được vị trí xứng đáng trên thị trường tương ứng với chất lượng vốn có của mình.